خالص سازی و تعیین ترادف نوکلئوتیدی ژنوم کامل ویروس موزائیک زرد کدو- جدایه فارس

ویروس موزائیک زرد کدو (zucchini yellow mosaic virus) ازنمونه­های کدوی دارای علایم موزائیک، تاولی شدن و بدشکلی برگ و میوه و کاهش رشد از مزارع منطقه کفترک شیراز به کمک آزمون الیزا، جداسازی و یک نمونه به عنوان جدایه فارس این ویروس ((zymv-f به منظور انجام مراحل بعدی تحقیق بررسی شد. zymv-f در شرایط گلخانه در کدو تکثیر و از بافت­های آلوده برای خالص­سازی فیزیکی ویروس استفاده شد. از آنتی­سرمبه دست آمده از آموده خالص ویروس، در آزمون­های سرولوژیکی استفاده شد. با بهره­گیری از روش به دام اندازی آر اِن اِی پیک و آغازگرهای اختصاصی طراحی شده، واکنش ترانویسی معکوس و زنجیره­ای پلی­مراز (rt-pcr) انجام شد و دی اِن اِی های تکثیر شده، همسانه سازی و تعیین ترادف شدند. با تجمیع ترادف­های به دست آمده، ترادف کامل ژنوم zymv-f شامل 9591 نوکلئوتید (رس­شمار jn183062 در بانک ژن) به دست آمد. آنالیزهای فیلوژنتیکی براساس ترادف نوکلئوتیدی و آمینو اسیدی ژنوم کامل و هر کدام از ژن­ها به طور انفرادی نشان داد که zymv-f بیشترین شباهت را به جدایه­های اسرائیل و اسلواکی zymv دارد. هم چنین بر اساس ترادف قسمتی از ژن پروتئین پوششی، مشخص شد که جدایه­های ویروس در ایران در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی شباهت زیادی به هم دارند و جدایه فارس و کرج در یک گروه قرار می­گیرند. این اولین گزارش از تعیین ترادف کامل ژنوم zymv در ایران و دومین گزارش از منطقه خاور میانه و نزدیک است.